(1) Indikator dan target kinerja Kementerian Kelautan dan Perikanan Tahun 2016 sebagai berikut:
a. indeks Kesejahteraan Masyarakat kelautan dan perikanan sebesar 42;
b. pertumbuhan Produk Domestik Bruto Perikanan sebesar 8%;
c. persentase kepatuhan (compliance) pelaku usaha kelautandan perikanan terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku sebesar 73%;
d. Jumlah pulau-pulau kecil yang mandiri sebanyak 10 pulau;
e. nilai pengelolaan wilayah kelautan dan perikanan yang berkelanjutan sebesar 0,29%;
f. nilai peningkatan ekonomi kelautan perikanan sebesar 0,69%;
g. produksi perikanan sebesar 26,04 juta ton;
h. produksi garam rakyat sebesar 3,6 juta ton;
i. nilai ekspor hasil perikanan sebesar USD 6,82 miliar;
j. konsumsi ikan sebesar 43,88 kg/kapita;
k. persentase peningkatan Penerimaan Negara Bukan Pajak dari sektor kelautan dan perikanan sebesar 7,5%;
l. efektivitas tata kelola pemanfaatan sumber daya kelautan dan perikanan yang adil, berdaya saing, dan berkelanjutan sebesar 76%;
m. persentase penyelesaian tindak pidana kelautan dan perikanan secara akuntabel dan tepat waktu sebesar 65,9%;
n. tingkat keberhasilan pengawasan di wilayah perbatasan sebesar 73%;
o. indeks kompetensi dan integritas sebesar 75;
p. persentase unit kerja yang menerapkan sistem manajemen pengetahuan yang terstandar sebesar 50%;
q. nilai Reformasi Birokrasi Kementerian Kelautan dan Perikanan sebesar BB;
r. nilai kinerja anggaran Kementerian Kelautan dan Perikanan sebesar 80-90 (baik); dan
s. opini atas Laporan Keuangan Kementerian Kelautan dan Perikanan yaitu Wajar Tanpa Pengecualian (WTP).
(2) Program pembangunan kelautan dan perikanan yang akan dilaksanakan pada tahun 2016 adalah sebagai berikut:
a. Program Pengelolaan Ruang Laut;
b. Program Pengelolaan Perikanan Tangkap;
c. Program Pengelolaan Sumber Daya Perikanan Budidaya;
d. Program Penguatan Daya Saing Produk Kelautan dan Perikanan;
e. Program Pengawasan Pengelolaan Sumber Daya Kelautan dan Perikanan;
f. Program Penelitian dan Pengembangan IPTEK Kelautan dan Perikanan;
g. Program Pengembangan Sumber Daya Manusia dan Pemberdayaan Masyarakat Kelautan dan Perikanan;
h. Program Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, dan Keamanan Hasil Perikanan;
i. Program Pengawasan dan Peningkatan Akuntabilitas Aparatur Kementerian Kelautan dan Perikanan; dan
j. Program Dukungan Manajemen dan Pelaksanaan Tugas Teknis Lainnya Kementerian Kelautan dan Perikanan.