(1) Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan urusan tata usaha dan rumah tangga.
(2) Seksi Tata Pelayanan mempunyai tugas melakukan pencegahan masuk, tersebarnya Hama dan Penyakit Ikan Karantina, dan keluarnya Hama dan Penyakit Ikan tertentu yang dipersyaratkan negara tujuan melalui tindakan karantina, pengujian terhadap Hama dan
Penyakit Ikan Karantina, Hama dan Penyakit Ikan tertentu, mutu dan keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan, sertifikasi kesehatan ikan, sertifikasi mutu dan keamanan hasil perikanan, dan sertifikasi keamanan hayati (biosecurity), pengelolaan dan pelayanan laboratorium dan instalasi, serta pembuatan koleksi media pembawa, Hama dan Penyakit Ikan Karantina dan/atau Hama dan Penyakit Ikan tertentu.
(3) Seksi Pengawasan, Pengendalian, dan Informasi mempunyai tugas melakukan pemantauan terhadap Hama dan Penyakit Ikan Karantina, mutu dan keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan, pengawasan dan surveilans terhadap Hama dan Penyakit Ikan Karantina dan keamanan hayati ikan, inspeksi, verifikasi, surveilans, audit, dan pengambilan contoh ikan dan hasil perikanan di Unit Pengolahan Ikan dalam rangka sertifikasi penerapan program manajemen mutu terpadu, penerapan sistem manajemen mutu pelayanan operasional dan laboratorium, penindakan pelanggaran, pengumpulan, pengolahan data dan informasi perkarantinaan ikan, pengendalian mutu dan keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan.