(1) Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan urusan kepegawaian, keuangan, tata laksana, surat menyurat, kearsipan, perlengkapan, dan rumah tangga Balai.
(2) Seksi Program dan Operasi Survei mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan program dan anggaran, perencanaan dan pelaksanaan operasi survei dan observasi kelautan, pemasaran produk dan jasa teknologi survei dan observasi kelautan, pemasyarakatan hasil survei dan observasi kelautan, pelaksanaan kerjasama survei, observasi dan riset kelautan baik skala nasional maupun internasional, serta pengelolaan data dan informasi hasil survei dan observasi kelautan.
(3) Seksi Sarana dan Prasarana mempunyai tugas melaksanakan urusan pengelolaan, pemeliharaan dan pengoperasian kapal riset dan peralatan survei beserta sarana-prasarana penunjangnya, termasuk pengelolaan National Science and Techno Park (NSTP) Maritim Penajam Paser Utara.